Le site Natura 2000 "Ubacs du Charmant Som et Gorges du Guiers mort" présente diverses expositions dans les étages de végétation du montagnard et subalpin. On y trouve des milieux forestiers, des landes, des milieux ouverts tels que des pelouses ou prairies et quelques milieux humides très localisés. De plus, le massif karstique de Chartreuse permet également le développement d'habitats rupestres particuliers (entrées de grottes, milieu souterrain, lapiaz, pessières sur lapiaz,...).
Sur 2 327 ha, 2 189 ha sont des habitats d'intérêt communautaire. Tout habitat confondu (d'intérêt communautaire ou non), le site présente une très forte dominante de milieux forestiers.
[collapsed title = "Les milieux forestiers"]
L'ensemble des milieux forestiers, qui représente 83 % du site, est en rapport avec l'exploitation forestière (infrastructures, exploitation,...) privée ou publique. Les habitats forestiers sont tous en bon voire très bon état de conservation. Aussi, le site Natura 2000 a une responsabilité particulière quant à la préservation de ces milieux forestiers montagnards et subalpins. Ces habitats accueillent des espèces remarquables, telles que la Rosalie des Alpes ou la Buxbaumie verte.
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[collapsed title = "Les milieux ouverts"]
Les milieux ouverts représentent une végétation basse bien installée, naturellement au-dessus de la limite d'implantation des arbres ou dans des conditions stationnelles particulières : déboisement naturel (avalanches, chute de pierres) ou artificiel par le pâturage. La dynamique naturelle tend à faire évoluer ces habitats vers des stades forestiers.
Les milieux ouverts, pelouses et prairies, forment avec les habitats voisins, une mosaïque d'habitats riches en flore et permettant à la faune montagnarde de trouver des milieux favorable à son développement.
Les pelouses et prairies qui occupent une surface importante sont des lieux de pâturage des animaux domestiques et de pratique d'activités de loisirs. Il convient de veiller à un équilibre entre la préservation de ces milieux ouverts et les activités pratiquées pour ne pas dégrader les pelouses et limiter le dérangement des espèces animales sauvages.
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[collapsed title = "Les milieux humides"]
Les milieux humides sont soit très ponctuels et liés à une géographie spécifique et à une alimentation hydrique stable, soit linéaires, tels que les cours d'eau. D'une manière générale, ces milieux sont sensibles à toute pollution entraînant des déséquilibres.
Les milieux particuliers de la tourbière boisée de Manissole, sur la commune de Proveysieux (codes EU : 6430, 7230 et 91D0*) nécessite une attention particulière notamment au vu de la gestion forestière, de la dynamique naturelle de fermeture et de l'apport hydrique. Tourbière acide d'altitude, elle abrite de nombreuses espèces remaquables et des habitats rares à l'étage montagnard. Des travaux de réouverture ont donc été menés en 2014 afin de protéger le milieu et les espèces, conserver sa microtopographie et son caractère semi-ombragé.
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[collapsed title = "Les milieux rocheux"]
Il existe très peu de menaces sur les éboulis, dalles rocheuses et grottes du fait de leur faible accessibilité. Ces habitats semblent en bon état de conservation et ne sont pas beaucoup fréquentés par des activités de loisirs.
Cependant, une veille doit être mise en place car ces milieux restent ponctuellement sensibles (voie d'escalade, cueillette, balisage pour spéléologie, pollution atmosphérique, changements climatiques,...) et accueillent des espèces remarquables.
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