Zones humides caractérisées par l’accumulation de tourbe, les tourbières accueillent une riche biodiversité. Les milieux remarquables, comme les roselières, les prairies humides ou encore les boisements alluviaux, abritent de nombreuses espèces patrimoniales, notamment l’Agrion de Mercure et le Cuivré des marais (espèces protégées).
Sur 209 ha, plus de 186 ha sont des habitats naturels ou semi-naturels dont certains sont d'intérêt communautaire.
[collapsed title = "Les milieux aquatiques"]
Les habitats aquatiques sont representés par une végétation benthique immergée en permanence d'algues Characées, un tapis flottant de petite Lentille d'eau (Lemna minor), des herbiers aquatiques et semi-flottants, des gazons amphibies d'annuelles et vivaces des berges et grèves tourbeuses et vaseuses temporairement exondées.
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[collapsed title = "Les milieux humides"]
Les habitats humides et ouverts d'intérêt communautaire sont peu nombreux sur le site. Essentiellement représentés par des prairies à Molinie, des mégaphorbiaies ou des roselières, ils tendent à disparaître, avec la régression des zones humides. Depuis le drainage et l'assèchement progressif de la plaine, beaucoup de prairies, aujourd'hui au caractère artificialisé prononcé, dérivent probablement en grande partie de prairies humides ou semi-humides. Etant donné l'état actuel d'humidité insuffisant de certaines prairies et la disparition des cortèges floristiques associés à l'habitat 6410, cet habitat est résiduel et localisé à quelques prairies.
Il en est de même pour les roselières qui subsistent dans de petits secteurs encore suffisamment humides.
Enfin, les mégaphorbiaies (6430) ne sont représentées que sur quelques parcelles localisées bénéficiant d'une humidité saisonnière suffisamment marquée (remontées phréatiques). Cet habitat résulte de pratiques de fauche et de pâture très extensives.
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[collapsed title = "Les milieux forestiers"]
Le seul habitat d'intérêt communautaire est l'habitat 91E0*, à la fois humide et forestier. Habitat prioritaire, il est composé de boisements riverains d'Aulne blanc (Alnus incana) avec Aulne glutineux (Alnus glutinosa) co-dominant et Frêne élevé (Fraxinus excelsior). Reliquat d'habitats en sursis, en état de conservation précaire et très défavorable, il est destiné à disparaître consécutivement aux transformations déjà anciennes du cours de l'Herrétang, entraînant désormais l'absence de fonctionnalité hydrodynamique des ripisylves.
D'autres types de boisements sont présents sur le site : aulnaies blanches et aulnaies blanches-frênaies des bords de cours d'eau, aulnaies glutineuses et frênaies, bosquets d'essences diverses (chênes, merisiers, bouleaux,...) et des plantations forestières artificielles (peupleraies, pessières).
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