La démarche Natura 2000 n’exclut pas la mise en œuvre de projets d’aménagements ou la réalisation d’activités humaines dans les sites Natura 2000, sous réserve qu’ils soient compatibles avec les objectifs de conservation des habitats et des espèces qui ont justifié la désignation des sites.
L'évaluation des incidences est un outil de prévention qui permet d’assurer l’équilibre entre préservation de la biodiversité et activités humaines. Certains projets, plans et manifestations, susceptibles d'affecter de façon notable les habitats naturels ou les espèces présents sur le site en question, sont donc soumis à évaluation des incidences.
Dans quels cas et comment mener une évaluation des incidences ? 
Ne font l'objet d'une évaluation des incidences uniquement les projets ou activités qui figurent soit sur la liste nationale soit sur l'une des deux listes locales :
- Liste nationale : activités relevant d'un encadrement administratif : autorisation, déclaration ou approbation
- 1ère liste locale : activités relevant d'un encadrement administratif : autorisation, déclaration ou approbation (liste complémentaire à la liste nationale)
- 2ème liste locale : activités non soumises à encadrement mais qui sont susceptibles d'avoir un impact significatif sur le site (liste dite de "régime propre").
Ce dossier doit être réalisé par le pétitionnaire. Il n'y a aucune obligation d'être accompagné par un cabinet d'études. La chargée de mission Natura 2000 peut apporter, aux porteurs de projets, des données sur les sites et leur biodiversité, ainsi que des éléments cartographiques.
Cette évaluation porte sur les habitats et espèces ayant motivé la désignation du site. Elle doit donc être proportionnée à l'importance de l'opération.
Pour les petits projets, ayant des incidences nulles ou négligeables, le formulaire simplifié peut suffire.
Attention toutefois :
1/ si je me rends compte en remplissant le formulaire que mon projet peut finalement avoir des incidences, je dois réaliser un dossier complet.
2/ les plans (au sens "plans et programmes") doivent systématiquement faire l’objet d’un dossier complet.
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