L'animation d'un site consiste à mettre en oeuvre le DOCOB sur le territoire concerné par le biais de diverses actions : actions de gestion (outils Natura 2000, inventaires et suivis), actions de communication, d'information et de sensibilisation, concertation,...
Dans le but de faire vivre un site, l'animateur doit donc réaliser différentes missions :
- Mise en oeuvre, suivi et coordination des mesures de gestion définies dans le DOCOB de chaque site (promouvoir les outils Natura 2000) ;
- Elaboration, promotion, animation et mise en oeuvre du PAEC ;
- Suivi scientifique ;
- Information des acteurs socio-professionnels et des élus sur les enjeux de chaque site et assistance pour l'évaluation des incidences ;
- Communication, sensibilisation de grand public et des scolaires ;
- Organisation et animation de réunions de concertation (comités de pilotage, groupes de travail, réunions techniques,...) ;
- Montage et suivi des dossiers de demande de subvention et de solde, suivi des démarches administratives,...;
- Rôle d'intermédiaire et de source, mise à disposition des données des DOCOB.
Afin d'assurer cette animation, une convention d'une durée de 3 ans est établie entre une structure dite animatrice et l’État.
En Chartreuse, l'Etat a confié l'animation de 3 sites Natura 2000 au Parc naturel régional en 2009, étant donné que la structure gère l'animation de la Réserve Naturelle Nationale des Hauts de Chartreuse et divers dossiers à l'échelle du massif.